南海の孤島に位置する、古(いにしえ)の王国「ペダン」から物語は始まる。
国の兵役義務に従い、ペダン軍に所属している主人公・ロジェは、「獣人王国ビーストキングダム」へ偵察部隊として派遣されることになる。
ロジェ、ユリエル、キュカ、ジェレミア、テケリ。さまざまな境遇から兵士となった5人は、夜のとばりに紛れて目的地へと向かっていた。
そんな彼らを突如激しい爆撃が襲う。
次々に起こる不穏な出来事。その先に待っていたのは、なんと母国が下した自分たちの抹殺命令だった。
愛する母国の突然の豹変。穏やかな日々の亡失。渦巻く策略と、隠された恐るべき秘密……。
祖国の暴走を止めるため、裏切り者の汚名を晴らすため、ロジェたちは運命の大きな渦に巻き込まれていく――。
1995年にスーパーファミコンソフトとして発売された『聖剣伝説3』のストーリーで、滅んだ都として最後まで詳細は描かれなかった、古(いにしえ)の都「ペダン」。
その大いなる野望と、滅亡の謎を紐解くストーリーが広がります。
『聖剣伝説3』の世界観を踏襲しつつ、まったく新しい物語として生まれた今作では、過去作を未プレイの方には新作としての楽しみが、プレイした方には物語の深い繋がりを感じることができます。



